PrespaNet në fokusin e saj ka ligatinat e Prespës, një strehë e rëndësishme për biodiversitetin. Nën efektin e ndryshimeve klimatike që ndikojnë në habitatet litorale duke tjetërsuar vendet e riprodhimit të peshqve dhe ushqimit të shpendëve të ujit, restaurimi i habitateve ligatinore është domosdoshmëri për të treja anët e pellgut ujëmbledhës!
Në përpjekje për të vënë në dukje degradimin e ligatinave në Prespë, PrespaNet hartëzoi habitatet ligatinore ndërkufitare duke zbuluar një mozaik të gjerë me 13 tipe habitatesh prioritare, 7 nga të cilat janë të përbashkëta për të treja vendet, duke i dhënë kështu nismë iniciativave që adresojnë kërcënimet e veçanta!
PrespaNet në Maqedoninë e Veriut ishte pionier i restaurimit të pyjeve të vërriut, një habitat prioritar i BE-së, brenda Parkut Natyror Ezerani. Në Greqi e zgjeroi veprimtarinë e saj në ruajtjen e habitate prioritare breglumore, duke përfshirë edhe pyjet e vërriut, në përrenj dhe përgjatë bregut të Liqenit të Prespës së Madhe, ndërsa në Parkun Kombëtar të Prespës në Shqipëri, PrespaNet trajton kërcënimet që lidhen me mbikullotjen përmes një studimi përkatës për të identifikuar hapat kryesor për habitatet e rëndësishme bregore.
