Në një basen ndërkufitar si ai i Prespës, bashkëpunimi është thelbësor. Asnjë rezultat nuk mund të përfitohet nëse vendet që e ndajnë këtë basen nuk punojnë në mënyrë të koordinuar. Baseni i Prespës nuk i njeh kufijtë, për këtë arsye, edhe qasjet apo aksionet për ruajtjen e tij duhet të jenë të unifikuara në një përpjekje të përbashkët.
PrespaNet është rrjeti i organizatave që punojnë së bashku në basenin e Prespës. Ky rrjet u formua në vitin 2013 nëpërmjet një marrëveshje midis organizatave PPNEA (Shqipëri), MES (Maqedoni e Veriut) dhe SPP (Greqi). Këto 3 organizata për vite me rradhë kanë bashkëpunuar për ruajtjen e natyrës në Prespë, megjithatë, nëpërmjet kësaj marrëveshje ato zyrtarizuan bashkëpunimin nën ombrellën e rrjetit PrespaNet. Ky rrjet ka implementuar një Plan Strategjik Ndërkufitar me qëllim mbrojtjen dhe ruajtjen afatgjatë të vlerave natyrore të këtij baseni të mrekullueshëm.
Misioni i PrespaNet është krijimi i sinergjisë dhe koordinimi i aktiviteteve në kuadër të forcimit të bashkëpunimit ndërkufitar, duke u përpjekur për të kapërcyer hendekun e krijuar nga mungesa e bashkëpunimit institucional. Puna e koordinuar dhe prania e përhershme në zonë ka mundësuar një rrjedhje më të natyrshme të informacionit, duke influencuar politikat mjedisore në basenin e Prespës.
Puna e rrjetit PrespaNet për ruajtjen e natyrës bazohet në metoda shkencore, në eksperiencat e terrenit, si dhe jetesa apo përditshmëria në zonë.
