Strategjia Ndërkufitare e PrespaNet (Transboundary Strategic Framework -TSF) u përgatit bashkërisht me të gjithë partnerët e rrjetit në vitin 2017 dhe vlereson situatën e llojeve, ekosistemeve dhe burimeve natyrore më të rëndësishme në Prespë, si dhe identifikimin e kërcënimeve dhe çështjet me rëndësi ndërkufitare. Duke qenë në të njëjtën linjë me punën e parqeve kombëtare dhe autoriteteve përgjegjëse për menaxhimin e zonave të mbrojtura të pellgut ujëmbledhës, Strategjia Ndërkufitare e PrespaNet ofron rekomandime për ruajtjen e natyrës duke adresuar kërcënimet dhe propozon qasje të praktikave më të mira të bazuara në kërkimin shkencor.
TSF është e strukturuar në ‘strategji’ të ndryshme, të cilat fokusohen në çështje të rëndësishme, si uji dhe ligatinat, kullotat dhe tokat bujqësore, apo menaxhimin e pyjeve. Këto strategji kanë udhëhequr punën e PrespaNet gjatë pesë viteve të fundit.
Në vitin 2022, PrespaNet rishikoi TSF-në, duke përfshirë problematikat aktuale, siç janë efektet e ndryshimeve klimatike, dhe identifikoi si më prioritare për të punuar për përpjekje konservuese për ruajtjen e shpendëve dhe ligatinave.